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O Laboratório de Bioinformática é vinculado ao Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia (MIP) do Centro de Ciências Biológicas (CCB) da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) e tem por objetivos:
– A análise de sequências nucleotídicas e protéicas;
– O desenvolvimento e/ou melhoramento de softwares para análise de sequências de nucleotídeos e de proteínas;
– O oferecimento de ferramentas de bioinformática á comunidade científica;
– O treinamento e a formação de recursos humanos.
O laboratório está envolvido na Rede Nacional de Sequenciamento de DNA (Projeto Genoma Nacional) e outros projetos Genoma Regionais (Genopar, PIGS e ShEST), apoiados pelo CNPq/MCT, Fapergs, Genopar e Fapesc. Está registrado junto ao diretório de Grupos do CNPq e na Bioinformatics Network for Latin-America and Caribbean (LacBionet) e desenvolve pesquisas em colaboração com o Instituto Oswaldo Cruz (Fiocruz), com o Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) e outras instituições de ensino e pesquisa no Brasil.
O laboratório trabalha em parceria com a Superintendência de Governança Eletrônica e Tecnologia da Informação e Comunicação (SETIC) da Universidade Federal de Santa Catarina, onde está alocada toda a infraestrutura de hardware, a qual está integrada no sistema de servidores virtualizados da UFSC. A SETIC conta com uma infraestrutura que garante que os serviços estejam disponiveis 24 horas por dia, 7 dias por semana.
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STINGRAY
Sistema de análise de sequências de nucleotídeos e proteínas, desenvolvido em parceria com o Laboratório de Biologia Computacional e de Sistemas do IOC/FICRUZ. Este sistema foi implementado utilizando linguagem PERL e agrega mais de 25 programas de análise de sequencias em um único pipeline.
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SABIÁ
System for Automated Bacterial Integrated Annotation (SABIA) is a tool developed for the assembly and annotation of prokaryote genomes (Bioinformatics. 2004 Nov 1;20(16):2832-3). It performs automatic tasks of assembly analysis, ORFs identification/analysis, and extragenic regions analysis. The system integrates several public domains and newly developed software programs capable of dealing with several types of databases and is portable to different operational systems. |
PROTOZOADB
ProtozoaDB is being developed to host both genomics and post-genomics data from Protozoan species (Kinetoplastida and Apicomplexa). ProtozoaDB is using the Genomics Unified Schema on top of PostGRES open-source relational database system. This database complements related databases by providing further analyses with emphasis on (a) distant similarities (HMM-based), (b) phylogeny-based annotations including orthology analysis, and (c) druggability.
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RPSC
A Rede de Proteoma do Estado de Santa Catarina (RPSC) foi criada em 2005 como parte integrante da Rede Proteoma Nacional. Visa inicialmente o estudo do proteoma do M. hyopneumoniae em colaboração com a Rede de Proteoma do Rio Grande do Sul e com o Programa de Investigação de Genomas Sul – PIGS. |
BIOWEBDB
O Consórcio BiowebDB foi criado em 2003 e fundado em 2004 através de financiando do CNPq. Este consórcio envolve diversos centros de pesquisa e universidades do Brasil e caracteiza-se por ser uma plataforma multi-usuário de genômica comparativa. Esta plataforma está fisicamente hospedada na Fundação Oswaldo Cruz no Rio de Janeiro e com mirror na UFSC |
