Grupo Multidisciplinar de Bioinformática

Biologia Computacional

Desde a sua criação em 2002 o Laboratório de Bioinformática tem-se dedicado ao desenvolvimento de sistemas e softwares em bioinformática voltados as necessidades de pesquisadores e centros de pesquisa, destacando a elaboração de sistemas de anotação de genomas. Neste contexto, a linha de pesquisa em biologia computacional tem como meta o desenvolvimento e aprimorarão de  interfaces de anotação e meta-busca para facilitar o acesso integrado a base de dados referência de ácidos nucleico e proteínas, em especial plataformas e workflows científicos para análises de dados genômicos e proteômicos com foco na anotação funcional de proteínas. Para tal, são utilizadas diferentes linguagens de programação, com maior ênfase em Python e PERL, bem como análises de dados em pacotes como R. Além disto, em função do carácter público das nossas pesquisas, adotamos e incentivamos a implementação de sistemas compatíveis com a filosofia de software livre com base em sistemas operacionais baseado em Unix (Linux). Em função do carácter interdisciplinar desta área, os projetos desenvolvidos nesta linha tem participação de estudantes e pesquisadores das áreas biológicas, computacionais e de matemática, onde é incentivado a permanente colaboração entes estas áreas.

Projetos correntes desta linha:

• Desenvolvimento de um sistema integrado para a predição de características canônicas e epítopos presentes em proteínas de agentes infeciosos-parasitários
• Desenvolvimento de aplicativo para predição de biomarcadores baseados em espectro de massas (MS) (MS2marker)

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Genômica, Transcriptoma e Proteômica

O Laboratório de Bionformática tem atuado fortemente na geração e análises de dados de genoma, transcriptoma e proteômica de diferentes organismos, em especial do parasitos e seus vetores. Dentre as principais estratégias utilizadas nesta linha de pesquisa é o sequenciamento de genes nucleares e mitocondriais utilizando método de Sanger, bem como o sequenciamento de genomas e transcritos utilizando equipamentos como 454, Illumina e PacBio em colaboração com outras instituições de pesquisa nacionais e internacionais, como da participação no Projeto genoma – Rede Nacional de Sequenciamento de DNA (MCT/CNPq) e em genomas regionais. Além destes dados, são gerados dados proteômicos com a utilização de Espectrometria de Massas utilizando abordagens top-down e bottom-up, para a caracterização de proteínas específicas, de proteomas complexos e de indivíduos. Para tal, contamos com a colaboração de institutos de pesquisas nacionais e internacionais para a utilização dos espectrômetros de massas. Para esta linha de pesquisa são bem vindos alunos das áreas biológicas, engenharia e computacionais. Para esta linha, são bem vindos interessados tanto das áreas biológicas, saúde, engenharia e computacionais.

Projetos correntes desta linha:

• Projeto genoma do Trypanosoma rangeli.
• Novas aboradagens para a identificação de marcadores para o diagnóstico e diferenciação fenotípica de tripanosomatídeos baseada em espectrometria de massas

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Bioinformática aplicada a agentes infecciosos e parasitários

Com o grande avanço quantitativo e qualitativo nos genomas dos agentes infecciosos e parasitários, há uma necessidade grande na análise, entendimento biológico e estrutural destes genomas, famílias gênicas e genes. Neste sentido, o laboratório também atua na caracterização funcional de sequências de ácidos nucléico e proteínas de agentes infecciosos e parasitários, em especial de  tripanosomatídeos, com o foco na identificação de alvos para tratamento e diagnóstico, além de auxiliar no entendimento biológico destes organismos com foco na modelagem de sistemas biológicos. Bem como o laboratório se propõe a desenvolver pesquisas no âmbito do filogenético e de sistemática molecular destes indivíduos. Para tal, utilizamos diferentes ferramentas de bioinformática para a análise destes dados. Para esta linha, são bem vindos interessados tanto das áreas biológicas e da saúde.

Projetos correntes desta linha:

• Interações do Trypanosoma rangeli com seus vetores e hospedeiros: aspectos biológicos e moleculares.
• Estudo comparativo dos sistemas antioxidantes de tripanosomatídeos patogênicos.